2021학년도 입학전형에서 남녀 학생 170명을 선발하는 해군사관학교의 지원 자격은 2000년 3월 2일부터 2004년 3월 1일 사이에 출생한 대한민국 국적을 가진 미혼 남녀로서 고등학교 졸업(예정) 또는 이와 동등 이상의 학력이 있다고 인정되는 자로 군인사법에 따른 결격 사유가 없어야 한다.

입학원서 접수는 육군사관학교와 동일하게 7월 10일부터 7월 20일 사이에 인터넷으로만 가능하다.

전체 모집 정원은 남학생 150명과 여학생 20명으로 170명인데, 이 중 80% 내외는 수능시험을 반영하지 않는 우선 선발로 선발하고, 나머지 20% 내외는 수능시험을 반영하는 종합 선발로 선발한다. 그리고 우선 선발은 다시 일반 전형과 특별 전형으로 구분하여 일반 전형에서는 고교학교장 추천 전형으로 전체 모집 정원의 20% 내외와 일반 우선 전형으로 전체 모집 정원의 55∼60% 내외를 선발한다.

특별 전형에서는 독립ㆍ국가유공자 전형으로 2명, 농어촌 학생과 기초생활수급자 및 차상위계층을 대상으로 선발하는 고른기회 전형으로 4명, 재외국민 자녀 전형으로 2명을 선발한다. 한편, 2020학년도 입학전형까지 영어ㆍ일본어ㆍ중국어ㆍ프랑스어ㆍ독일어ㆍ러시아어ㆍ스페인어 등 외국어 우수자를 대상으로 선발하는 어학 우수자 전형은 폐지해 선발하지 않는다.

해군사관학교 역시 육군사관학교처럼 남녀 학생과 문ㆍ이과로 구분해 남학생 150명은 문과 45%, 이과 55% 내외로 선발하고, 여학생 20명은 문과 60%, 이과 40% 내외로 선발한다.

학생 선발은 전형에 따라 다소 차이가 있는데, 재외국민 자녀 전형만 1차 시험과 2차 시험으로 선발하고, 나머지 전형들은 1, 2차 시험에다 서류평가와 학생부 등을 반영한 최종 선발로 선발하되, 종합 선발에서는 수능시험 성적을 추가로 반영한다. 

모든 전형에서 반영하는 1차 시험은 전체 사관학교가 공동 출제한 국어ㆍ영어ㆍ수학을 각각 200점 만점으로 8월 15일 오전 10시부터 오후 4시 10분까지 실시하며, 선발 인원은 남학생이 전체 모집 정원의 4배수이고, 여학생이 8배수이다. 1차 시험 합격자는 육군사관학교와 동일하게 9월 1일에 발표한다. 그리고 1차 시험에 합격한 자는 9월 1일부터 9월 4일 사이에 자기소개서 등 전형별 해당 서류를 제출해야 한다.

2차 시험은 1차 시험 합격자를 대상으로 9월부터 11월 초 사이에 조별 2박 3일 일정으로 우선 선발의 고교학교장 추천 전형은 잠재역량평가ㆍ면접ㆍ체력검정ㆍ신체검사로 실시하고, 나머지 전형들은 잠재역량평가를 제외한 면접ㆍ체력검정ㆍ신체검사로 실시한다.

이때 면접은 사관생도로서의 기본적인 자질을 검증하는 과정으로 면접관의 질문에 응답하는 개별 면접과 수험생들 간에 상호 의견을 교환하는 토론 형식으로 국가관ㆍ역사관ㆍ안보관, 군인 기본자세, 주제 토론, 적응력, 종합평가 등의 항목으로 평가한다. 아울러 육군사관학교처럼 AI 면접을 사전에 실시하고 그 결과를 면접 시 참조 자료로 활용하기도 한다. 고교학교장 추천 전형에서 반영하는 잠재역량평가는 학생부 비교과 영역과 심층면접 등으로 평가한다. 

체력검정은 1,500m(여 1,200m) 달리기, 윗몸일으키기, 팔굽혀펴기 등 3종목으로 실시한다. 점수는 1,500m(여 1,200m) 달리기만 40등급으로 구분하고, 나머지 종목은 30등급으로 구분하여 점수를 부여하되, 1,500m(여 1,200m) 달리기의 경우 남학생 7분 36초, 여학생 7분 30초 이상이면 불합격 처리한다. 또한 윗몸일으키기와 팔굽혀펴기 2종목 모두 30등급이어도 불합격 처리한다.

신체검사는 합격ㆍ불합격만을 판정하는 종목으로 합격 기준은 신장의 경우 남학생은 159cm 이상 196cm 미만이어야 하고, 여학생은 152cm 이상 184cm 미만이어야 한다. 체중은 신장에 따라 차이가 있는데, 체중 급수가 4급 이하이면 불합격 처리한다. 이밖에도 시력(교정시력 0.6 이상)과 치아, 혈압 등 다양한 분야로 신체검사를 실시한다. 2차 시험 합격자는 11월 20일에 발표하며, 이때 우선 선발의 최종 합격자도 함께 발표한다. 

전형별 최종 합격자는 우선 선발의 고교학교장 추천 전형은 1차 시험 20%(200점) + 2차 시험 70%(700점 : 면접 400점, 체력검정 100점, 잠재역량평가 200점) + 학생부 10%(100점)에다 한국사 가산점 5점과 체력 가산점 3점으로 선발하고, 일반 우선 전형과 특별 전형은 1차 시험 40%(400점) + 2차 시험 50%(500점 : 면접 400점, 체력검정 100점) + 학생부 10%(100점)에다 한국사 가산점 5점과 체력 가산점 3점으로 선발한다. 종합 선발은 2차 시험 40%(400점 : 면접 300점, 체력검정 100점) + 학생부 10%(100점) + 수능시험 50%(500점)에다 체력 가산점 3점으로 선발한다. 

한국사 가산점은 한국사능력시험 중ㆍ고급 60점 이상 취득 점수에 따라 차등적으로 3∼5점을 부여하고, 체력 가산점은 체력검정 전 종목 1등급 획득 시, 태권도 3단 또는 유도ㆍ검도 2단 이상, 수상인명구조자격 보유 시 각각 1점씩의 가산점을 부여한다.

학생부는 교과 성적 90% + 출결 성적 10%로 산출하며, 1학년 30% + 2학년 30% + 3학년 40%로 반영한다. 반영 교과목은 국어ㆍ영어ㆍ수학ㆍ도덕ㆍ사회ㆍ과학 교과 전과목이며, 교과 성적 등급별 점수는 1등급 90.0점, 2등급 89.5점, 3등급 89.0점, 4등급 88.5점 5등급 88.0점, 6등급 87.0점, 7등급 85.0점, 8등급 81.0점, 9등급 75.0점으로 하위 등급으로 내려갈수록 등급 간 점수 차가 크다.

출결 성적은 결석일수에 따라 결석일수가 2일 이내이면 10점, 3∼6일이면 9점, 7∼15일이면 8점, 16∼30일이면 7점, 31 이상이면 5점을 부여한다. 그리고 검정고시 출신자와 외국계 고교 졸업(예정)자 등의 학생부 성적은 1차 시험 성적에 의한 비교 내신으로 부여한다. 

수능시험은 문과가 국어ㆍ수학(나)ㆍ영어ㆍ사회탐구(2과목)ㆍ한국사 영역으로 반영하고, 이과가 국어ㆍ수학(가)ㆍ영어ㆍ과학탐구(2과목)ㆍ한국사 영역으로 반영한다. 영역별 반영 비율은 문ㆍ이과가 동일하게 국어 26.7%(200점) + 수학 26.7%(200점) + 영어 26.7%(200점) + 한국사 6.7%(50점) + 사회/과학탐구 13.3%(100점)이다.

수능시험 영역별 점수 산출은 국어와 수학 영역은 200 × (지원자의 해당 영역 표준점수 ÷ 해당 영역 최고 표준점수)로 산출하고, 사회/과학탐구 영역은 50 × (지원자의 해당 과목 표준점수 ÷ 해당 과목 최고 표준점수)로 산출한다. 영어와 한국사 영역은 등급별로 환산 점수로 영어 영역은 1등급 200점, 2등급 180점, 3등급 160점, 4등급 130점, 5등급 100점, 6등급 80점, 7등급 60점, 8등급 40점, 9등급 20점으로 반영하고, 한국사 영역은 1등급 50점, 2등급 45점, 3등급 40점, 4등급 35점, 5등급 30점, 6등급 25점, 7등급 20점, 8등급 15점, 9등급 10점으로 반영한다. 

종합 선발 최종 합격자는 12월 31일 발표하되, 결원이 발생하면 2021년 1월 7일 이후 추가 합격자를 발표한다.